SynBioSys is de afkorting van ‘syntaxonomisch biologisch systeem’. Hiermee wordt tot uitdrukking gebracht dat dit computerprogramma zich in beginsel richt op het niveau van de levensgemeenschap, dus boven het niveau van de soort, en dat classificatiesystemen daarvoor (noodgedwongen) een basis vormen. Het systeem kent twee verschillende niveaus, respectievelijk de plantengemeenschap en het landschap.

Plantengemeenschap
Wat het eerste niveau betreft, wordt van iedere plantengemeenschap uit ons land informatie gegeven over soortensamenstelling, ecologie, successie, zonering, verspreiding en natuurbeheer, en wel door middel van teksten, areaalkaarten, tabellen, foto's, aquarellen, relevante literatuur en allerhande diagrammen.
Het ‘hart’ van het kennissysteem wordt gevormd door identificatieprogrammatuur, waarmee de gebruiker kan beoordelen met welke plantengemeenschappen zijn eigen gegevens (soortenlijst, vegetatieopname, tabel) de grootste verwantschap vertoont; het fundament wordt gevormd door de Landelijke Vegetatie Databank (LVD), in beheer bij Alterra. In dit bestand zijn inmiddels zo'n 350.000 opnamen bijeengebracht, uit de periode 1930-2000.

Landschap
Met betrekking tot het landschapsniveau zal een analyse van het Nederlandse landschap worden verricht uitgaande van een hiërarchische indeling in fysisch-geografische regio’s (conform de IKC-systematiek; Bal et al. 1995), series en fysiotopen. Fysiotopen zijn daarbij te definiëren als landschappelijke eenheden met een min of meer gelijke abiotiek. Per fysiotoop wordt de ontwikkeling van de vegetatie aangegeven in termen van successie en vervanging. Hierbij wordt voortgeborduurd op ervaringen die zijn opgedaan in de projecten ‘Bosecosystemen van Nederland’ (o.a. Stortelder et al. 1998) en ‘Wegen naar Natuurdoeltypen’ (Schaminée & Jansen 1998, 2000).