In september en december 2008 zijn door het ministerie van LNV alle profielen van habitattypen herschreven. Daarmee zijn de versies van 2006 toen vervangen. Door het gebruik van deze profielen zijn echter onduidelijkheden en soms ook tegenstrijdigheden en fouten aan het licht gekomen. Vooruitlopend op een latere verbetering van het Profielendocument, is op 24 maart 2009 door de Programmadirectie Natura 2000 besloten om een aantal problemen, die betrekking hebben op de paragraaf Definitie, snel op te lossen. Zie de Erratalijst profielen habitattypen 24 maart 2009 en bijhorende toelichting voor meer informatie. Voor het juiste gebruik van de profielen en de definitietabel moet de Leeswijzer en de Toelichting worden geraadpleegd.
Voor habitattypen gemarkeerd met een sterretje (*) gelden iets andere criteria bij de selectie van Natura 2000-gebieden en een zwaarder beschermingsregime onder de Natuurbeschermingswet.