Onderaan op het scherm moet het pad naar de twee shapefiles worden aangegeven die de basis moeten vormen voor de verschilkaarten. Voor Kaart 1 moet de oudste kartering worden opgegeven. Verder kan een Gridgrootte worden ingesteld. Standaard is dat 10x10m. Voor een analyse met een hogere resolutie kan gekozen worden voor 5x5 meter, maar deze neemt meer tijd in beslag. Door de knop Bereken verschil te activeren wordt de analyse uitgevoerd.
Als de analyse is uitgevoerd kunnen de verschillende abiotiekkaarten worden bekeken door een keuze te maken via het uitklapmenu Indicator bovenaan in de knoppenbalk.
Door in de kaartlegenda de Verschilkaart actief te maken en de knop 
op de knoppenbalk te selecteren kan op ieder gewenst punt op de kaart del begin- en eindewaarde als ook het verschil daartussen voor de verschillende factoren worden getoond. Voor uitleg van de verschillende functies op de knoppenbalk zie GIS-functies.
In het voorbeeld hieronder zijn twee karteringen van de Drentse Aa (1994/'``96 en 2016) met elkaar vergeleken De verschilkaart voor kwel is in beeld gebracht. Duidelijk is dat binnen een tijdsbestel van zo'n 20 jaar de kwel in een behoorlijk deel van het gebied is versterkt.
